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小工具地址： RGI 预测核酸 / 蛋白质序列注释（耐药基因） ： https://cloud.mimazi.net/tool/article-107.html 三、 RGI 耐药基因预测小工具的使用方法 输入文件： 基因组预组装结果 / 核酸序列文件 / 蛋白序列文件（ FASTA 格式） 文件名禁止包含空格（如： EC Strain1.fasta ，可将其修改为 EC_Strain1.fasta ） 输出结果： rgi_contig/protein.txt ：耐药基因注释结果 ORF_ID：检测到的 ORF（开放阅读框）编号；Start 和 Stop：起始和终止位置（若有）； Orientation：ORF 链方向：+（正链） / -（负链）； Cut_Off：筛选阈值策略：Strict（严格） / Perfect（完全匹配）； Pass_Bitscore：ORF 通过预测模型的 bitscore 值（衡量匹配质量）； Best_Hit_Bitscore：最佳匹配的参考序列 bitscore 值； Best_Hit_ARO：最佳匹配的 CARD 参考基因名称（ARO 标识； Best_Identities：与最佳参考序列的氨基酸相似度（%）； ARO：匹配的 ARO 编号（CARD 唯一标识）； Model_type：预测模型类型（如：蛋白同源模型）； SNPs_in_Best_Hit_ARO：相对于最佳参考序列的 SNP 数量（n/a表示无数据）； Other_SNPs：其他 SNP 信息（n/a表示无数据）； Drug Class：耐药药物类别（多个以 ;分隔）； Resistance Mechanism：耐药机制； AMR Gene Family：耐药基因家族； Predicted_DNA：ORF 的预测 DNA 序列； Predicted_Protein：ORF 的预测蛋白质序列； CARD_Protein_Sequence：CARD 参考数据库中匹配的蛋白质序列； Percentage Length of Reference Sequence：预测蛋白与参考蛋白的长度百分比（覆盖度）； ID：唯一标识符； Model_ID：预测模型 ID； Nudged：未修正为完整 ORF 的标记（默认为空或 0）； Note：备息； Hit_Start/ Hit_End：匹配在参考序列上的起止位置； Antibiotic：抵抗的具体抗生素（多个以 ;分隔） 软件版本： Resistance Gene Identifier - 6.0.4 参考文献：