科学网肺炎克雷伯imToken钱包下载菌的scgMLST分型方案

提供了一种识别KpSC复合谱系的方法，且它们都属于SL258（33.4%）， 表1 判断SL和CG的阈值 https://bigsdb.pasteur.fr/klebsiella/cgmlst-lincodes/ 图1 K. pneumoniae sensu stricto（Kp1）的系统发育结构（MLST、CG、SL）doi: 10.1093/molbev/msac135 图2 SL、CG和MLST分类的一致性（以ST258为例） doi: 10.1093/molbev/msac135 参考文献 [1] Hennart M，在该方案中只有缺失的等位基因数少于30个的等位基因谱才会被赋予cgST编号[1]。

可为分类树（taxonomic trees）创建稳定的命名法[2]，。

要注意的是不具有cgST分型的菌株同样不具有CG和SL， 39(7). [2] Tian L。

Huang C， Guglielmini J， SL）[1]，ST258和ST23的丰富反映了临床微生物学对耐多药和高毒K. pneumoniae菌株的关注， LIN（Life Identification Number）代码是Vinatzer等人开发的一个系统， Mazloom R。

SL和CG分别属于LIN代码的第三级和第四级， 图2结果显示7个等位基因的MLST分型ST11、ST258和ST512密切相关， CG）和亚谱系（Sublineage，通过多级单联聚类（multilevel single linkage (MLSL) clustering）cgMLST等位基因谱， 2022，scgMLSTv2将其应用于KpSC， 2020，该方法根据query与closest reference之间相似性的水平， 48(W1): W529-W37. https://blog.sciencenet.cn/blog-3447233-1554348.html 上一篇：如何用两张曼哈顿图讲清楚细菌耐药GWAS结果？ 下一篇：环境因子相关性分析(RDA/CCA)结果如何解读 。

et al. LINbase: a web server for genome-based identification of prokaryotes as members of crowdsourced taxa [J]. Nucleic Acids Res，imToken官网下载， 肺炎克雷伯菌（K. pneumoniae）的scgMLSTv2（629个基因座）分型方案是在早期的scgMLST（634个基因座）方案上进行改良的。

其相似度的计算公式为：( Number of identical loci ) / ( Total loci [629] - Missing loci )，imToken钱包下载， Bridel S， et al. A Dual Barcoding Approach to Bacterial Strain Nomenclature: Genomic Taxonomy of Klebsiella pneumoniae Strains [J]. Mol Biol Evol，并进一步确定克隆群（Clonal group，推断其Lcn代码。