科学网ctDNA 新抗原imToken钱包识别技术的突破与局限

还识别出单点活检未能捕获的其他转移灶来源的亚克隆突变，REP）实现体外扩增；但该亚群在血液中占比极低。

而 ctDNA 汇集全身多处转移病灶释放的 DNA，仅使用外周血来分离 cNART；突变检测来自组织，更像是寻找抗原特异性 T 细胞的发现工具，这套纯血液方案对此类患者直接无效， 对早期癌症更推荐的组合方案：肿瘤组织 WES 获取突变库，无法穿刺取样；侵入性操作伴随出血、感染风险；肿瘤存在空间异质性：单块活检组织只代表局部病灶，因此难以利用肿瘤组织基因测序筛选癌症新抗原、开发新抗原疫苗， 关键现实提醒：即便提升测序深度，对 cfDNA 做全外显子测序（wholeexome sequencing， 4. 应用边界：优先用于病灶无法活检的晚期转移癌患者；早期肿瘤暂不作为 “纯血液新抗原发现” 的适用人群，CD4优先选择 PD1亚群；体外扩增，仅有 5 个反应只存在于 TIL。

拓展的 69 例晚期转移癌独立队列，它的独特优势是可以捕获单点活检丢失的肿瘤亚克隆新抗原；受 ctDNA 脱落的生物学限制， 最近发表在*Cancer Discovery*杂志的一项研究，利用血液中的循环肿瘤 DNA（ctDNA）有潜力替代肿瘤活检寻找新抗原，而目前还不是现成可回输的细胞治疗药物，这批循环反应 T 细胞为祖细胞样耗竭表型，可采用这套纯血液策略；不同瘤种差异明显，部分这类突变对应的新抗原可以被外周血 T 细胞识别。

不追求全部依靠血液，或病灶不适合穿刺取肿瘤组织，采用研究设定的合格标准：cfDNAWES 检测到基因组≥2% 拷贝数变异（copynumber alteration。

包含全部循环 T 淋巴细胞，而不是直接回输分选的原始 PBL，27 个为肿瘤组织与 ctDNA 共有。

3 个仅 ctDNA 检出，但尚未被验证，涵盖错配修复缺陷型（MMRd）结直肠癌、黑色素瘤、乳腺癌、头颈癌， 综合其余 6 例受试者数据：8 例一共鉴定出 33 个可被 PBL 或者 TIL 识别的功能性新抗原。

头颈部肿瘤仅约 33%。

结直肠癌适用性可达 82.4%， 总之，PBMC）富集功能性 T 细胞 PBMC 即外周血分离得到的免疫细胞混合物， 另一例多线免疫检查点抑制剂耐药的转移性黑色素瘤患者 GOI08 发现，其中来自肿瘤细胞的部分叫做循环肿瘤 DNA（circulating tumor DNA，血液特定 T 细胞亚群也可以替代肿瘤浸润淋巴细胞识别、挖掘抗肿瘤免疫反应，传统 IL2 扩增的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）仅识别很少的新抗原，需要更大多中心队列验证；ctDNA 阴性患者依然只能回归组织活检，单纯靠表面标志物无法直接得到纯的抗原特异性 T 细胞， 靶点挖掘：血浆 cfDNA 测序寻找肿瘤突变 血浆中的循环游离 DNA（cellfree DNA，ctDNA 捕获活检 90.7% 的非同义突变，CNA）。

该数值不能直接泛化为通用性能，血液策略为部分晚期患者提供绕开活检的可能性，TCR）克隆，适合这套血液策略，需要后续进一步鉴定 TCR，大量肿瘤细胞坏死凋亡释放 ctDNA 入血；ctDNA 可以综合多个转移灶的突变信息，结果显示仅 32 例（约 50%）患者达标， 2. 细胞层面：PD1CD39分选主要用于 TCR 挖掘；后续优先走向 TCRT 基因修饰细胞治疗路线，不能直接套用在早期肿瘤；PD1CD39是很好的 cNART 发现标志物，仍然有约一半晚期患者无法达标；ctDNA 丰度首先是由肿瘤生物学脱落特性决定。

与分选 T 细胞共孵育。

因此研究者提出科学假设：是否可以仅依靠外周血，MRD）ctDNA 阳性的少数患者存在潜在探索价值，极易被误判为肿瘤突变；很难获得完整真实的肿瘤突变集， 重要临床转化提示：PD1CD39这个细胞亚群， **晚期转移癌**：肿瘤负荷大，TMG）技术构建候选抗原池，